Das Dorf Lagershausen liegt im südwestlichen Harzvorland, in einem Tal der Kreienser-Northeimer-Kalkberge am Ufer des Denkershäuser Teiches. Der Teich ist mit den Dörfern Denkershausen und Lagershausen in einer Senke eingebettet. Diese wird umsäumt von den Erhebungen Röderberg (263 m), Klimp (275 m), Dünenberg (357 m), Rethoberg (260 m).
Die Hochflächen rund um das Dorf bestehen aus Muschelkalk und Keuper. Als Besonderheit bestehen nicht nur die Täler aus fruchtbarem Löß, auch die Hügel sind mit Lößanwehungen bedeckt. Der angrenzende Höhenzug mit der Mandelbecker Forst und der Westerhöfer Wald hat Buntsandstein als Grundlage.
Die Senke des Teiches entstand durch die unterirdische Auflösung oberflächen-naher salzhaltiger Ablagerungen. Nach dem sich die Salzablagerungen mit Wasser auflösten und ausspülten, stürzte die Erdabdeckung ein und in der Mulde sammelte sich Wasser. Über die Jahre bildete sich hieraus ein See und der spätere Teich.
Eine ähnliche Vertiefung entstand auch bei Lagershausen am Rande der Teich-wiesen. Der sogenannte Nickelnpfuhl wird heute als Fischteich genutzt. Der Volksmund sagt ihm eine Grundlosigkeit nach. In ihm soll nach alten Erzählungen der Graf Nickel mit samt Ross und Wagen versunken sein.
Die Salzablagerungen sowie der Muschelkalk und Keuper deuten an, dass sich im Erdaltertum in der Gegend ein Meer befand. Zeugen hierfür sind auch die zahlreichen Versteinerungen (Muscheln, Schnecken, Hexenpfennige), die in den ehemaligen Lagershäuser Steinbrüchen zu finden sind.
Derzeit sind die Höhenlagen bewaldet. Nur stellenweise gibt es auf den Höhen Acker- und Grünland. In den Tälern und an den Hängen überwiegen die bewirtschafteten Ackerflächen und rund um den Denkershäuser Teich die Gründlandbereiche. Ohne den Eingriff der Menschen würde die Landschaft rund um Lagershausen heute aus geschlossenen Buchenwäldern mit Hainsimsen am Waldboden bestehen. In den Höhenlagen würde Waldmeister am Boden der Buchen wachsen. Stellenweise würden auch Bestände von Traubeneichen wachsen. Auf dem Buntsandstein der Mandelbecker Forst würden, wie auch heute, große Fichtenwälder steh